İstanbul Teknik Üniversitesi'nde Gıda Mühendisliği Bölümü kuruluş çalışmaları, 1987 yılında Kimya Mühendisliği Bölümü öğretim üyelerinden Prof. Dr. İhsan ÇATALTAŞ tarafından başlatılmış olup, ilk öğrencilerini 1990-1991 öğretim yılında alarak Kimya-Metalurji Fakültesi bünyesinde faaliyete geçmiştir.   1995 yılından bu yana her yıl lisans programımıza yaklaşık 30 yeni öğrenci alınırken, 2004 yılında bölüm kontenjanı 40 ve 2008 yılında 50 olmuştur.  

Üniversitemizin "Eğitimde Kalite Yönetimi" anlayışının yansıması olarak, 1997 yılından eğitim planımızda değişiklik yapılmış ve toplam kredi sayısı 180'den 150.5 kredi saate indirilirken, zorunlu hazırlık sınıfı ve %30 İngilizce eğitim programımıza yerleştirilmiştir. Ayrıca daha önce var olan opsiyonel İngilizce Destekli Öğretim (İDÖ) programı kaldırılmıştır. Bölümün sürekli gelişim felsefesi eğitim programının güncellenmesi ile sürmektedir.

Fen Bilimleri Enstitüsü bünyesinde, Yüksek Lisans programı 1992 yılında ve doktora programı ise 1995 yılında başlatılmıştır. Lisansüstü eğitim programı 2000 yılında tekrar gözden geçirilerek tamamen revize edilmiştir. Lisans programı, American Board of Engineering and Technology (ABET) kurumunun Uluslararası Eşdeğerlik denetimine girmiş ve 2004 yılından itibaren  A.B.D.'deki aynı isimli lisans programları ile eşdeğer kabul edilmiştir. Bu değerlendirme 2010 yılında yenilenmiş olup, ABET akreditasyonumuz 2016 yılı sonuna kadar uzatılmıştır.